Las convocatorias promovidas por el CIES tienen como base fundamental el desarrollo y promoción de nuevos conocimientos. En este orden, desde 1999 el Concurso Anual de Investigación es la convocatoria más importante del Consorcio por su tradición académica en promover investigación en ciencias sociales, el monto destinado y por sus objetivos en incidir en políticas públicas. Durante el año, el CIES también convoca otros concursos en alianza con instituciones del Estado, la cooperación internacional e instituciones de la sociedad civil.